Ранее на территории посёлка Чекист (Томская губерния) располагался Алексеевский мужской монастырь основанный по всей видимости в 1606 году. Монастырь здесь просуществовал недолго и перебрался на Юрточную гору в Томск. Здесь же осталась Архимандритская заимка, т.е. загородный дом настоятеля монастыря. Заимка просуществовала до первой четверти XX в, т.е. до 1929 года. В 50-ые гг. началась застройка города, и при въезде было решено разместить воинский гарнизон, благодаря чему появились два белокирпичных здания учебного и спального корпусов.

История  школы-интерната "почтового" города началась 6 октября 1960 года. Целью создания - оказание помощи неполным, многодетным и малообеспеченным семьям не только в обучении, но и содержании детей. 

Воспитанниками школы-интернат были, в основном, дети из малообеспеченных, многодетных, неполных, неблагополучных семей, дети, находящиеся под опекой или находящиеся в детском доме.

Трудовое воспитание и организация общественно полезного труда было важным звеном в жизнедеятельности воспитанников. Дети работали на уборке территории, на учебно-опытном участке, изготавливали наглядные пособия, шили фартуки.

Резкий спад жизненного уровня населения в 90 - е годы XX века, рост в стране и городе безработицы, привели к социальным катаклизмам. Ценности «дикого рынка» сыграли решающую роль в деградации семейных отношений, учащения случаев пьянства родителей, жестокого обращения с детьми, их безнадзорности, не оставляли школу без воспитанников вплоть до первого десятилетия XXI века.

Приказом Департамента общего образования Томской области № 375 от 26 марта 2008 года был образован первый в Северске Кадетский корпус для мальчиков .
Областное государственное бюджетное общеобразовательное учреждение Кадетская школа-интернат «Северский кадетский корпус» открыто 31 августа 2008 года.
Северский кадетский корпус является единственным учреждением в закрытом административно-территориальном округе Северск Томской области. Это общеобразовательная школа с круглосуточным пребыванием детей на протяжении всего учебного года в котором обучаются 180 детей разных социальных слоев Томской области. Корпус занимается в одну смену, по режиму шестидневной рабочей недели.
В корпусе работают 39 педагогов из них 16 офицеров- воспитателей.
98% педагогов прошли аттестацию. Из них 2 педагога являются Почетными работниками образования РФ, 2 педагога-Отличники физической культуры и спорта РФ, 1 отличник народного просвящения, 23 человека награждены отраслевыми медалями, медалями Томской области и Северска. 2 педагога-лауреаты премии Томской области.
Педагоги побеждают в профессиональных конкурсах всероссийского, регионального уровней в номинациях педагогических технологий и педагогических разработок. Среди педагогов работает «Учитель 2011 года», победитель областного конкурса, представлявший регион Томской области на всероссийском уровне.
Северский кадетский корпус дает качественное образование по государственным общеобразовательным программам и программам оборонно-спортивного профиля с углубленным изучением предметов «Физическое воспитание» и «Основ военной и государственной службы».
В образовательном процессе успешно применяются инновационные, проектные, информативно-коммуникативные, исследовательские, деятельностные, рефлексивные технологии.
Дополнительное образование в Северском кадетском корпусе представлено четырьмя направлениями:
Военно-патриотическое направление;
Эстетическое направление;
Физическое (спортивное) направление;
Развивающееся направление (объединения, кружки, секции).
Кадеты на протяжении многих лет являются победителями и призёрами всероссийский, региональных и областных конкурсов, фестивалей, конференций и спортивных соревнований. Кадет 11 класса (Очередной Александр) вошел в спортивную ЭЛИТУ-2015г. Томской области по неолимпийским видам спорта.
За последние два года учреждением подготовлено 4 мастера спорта России по кинологии, 74 спортсменов-разрядников. 5 человек стали победителями Чемпионата и Кубка России по кинологическому спорту. На Всероссийском фестивале кадетских корпусов в г. Перми команда победила в кадетском многоборье и стрелковой подготовке. Хоккеисты кадетского корпуса входят в состав сборной команды Северска. Кадеты -чемпионы ЗАТО Северск по волейболу, стрельбе, футболу. На протяжении 5 лет Парадный расчет на Параде победы становится победителем. Всего за период 2013-2016 годов завоевано более ста спортивных кубков разного достоинства и более 250 дипломов и грамот.
Северский кадетский корпус- основатель интеллектуального областного Чемпионата игры «Что. Где. Когда.», областной конференции школьников «Исследовательский дебют».
С 2014 года является Центром патриотического воспитания ЗАТО Северск.

В 2015 году Северский кадетский корпус получил кубок «Лучшее учреждение дополнительного образования детей - 2015», который подтвержден дипломом, подписанным членами оргкомитета и экспертного Совета конкурса. Директор Северского кадетского корпуса Окунев Александр Олегович награжден памятным знаком "Эффективный руководитель-2015".

В 2016 году ОГБОУ КШИ «Северский кадетский корпус» вошло в число 100 лучших предприятий и организаций России 2016 г. и награждено почетным дипломом Победителя Всероссийского Конкурса в номинации «Лучшее учебное учреждение».

В Северском кадетском корпусе действует Образцовый Военно - исторический музей Томской области, который в 2015 году стал победителем областного конкурса среди общеобразовательных школ. В 2012, 2013, 2014, 2015  годах корпус дипломант конкурса «Цифровая школа России». Лучшим кадетам выплачивается стипендия.
Северский кадетский корпус имеет свой герб. Лучшим кадетам вручается знак кадетского корпуса, а выпускники награждаются знаком выпускников.
Традиции Северского кадетского корпуса:
- День знаний;
- День здоровья;
- Военно-спортивная игра «Зарница»;
- Принятие клятвы кадет и посвящение в кадетское братство;
- Ежегодное участие во Всероссийском фестивале кадетских корпусов в Пермском кадетском корпусе;
- Областной кадетский бал «Виват, кадеты!»;
- Военно-спортивная игра «Победа»;
- Военно-полевые сборы;
- Спартакиада корпуса по видам спорта;
- Вручение чинов кадетам;
- Уроки мужества,
- Вахта Памяти ко Дню Победы.
Обучение кадет по спецкурсам и военным дисциплинам позволило продолжение обучения в военных Вузах России, среди которых Вузы ФСБ, МВД России, летные и морские училища, военные институты командного состава. Наблюдается положительная динамика выбора офицерской профессии. За два последних года поступили 53% выпускников, в гражданские Вузы поступили 28% выпускников.

Таким образом, качество и мотивационная составляющая образования учреждения говорит о выполнении миссии Северского кадетского корпуса - создание поливариантной образовательной среды, в которой формируется ЛИЧНОСТЬ социально активного молодого человека, имеющего стойкую гражданско-патриотическую позицию, обладающего физическим, психическим, нравственным здоровьем, способного адаптироваться в современном мире и позитивно влиять на его развитие.
 На фасаде здания корпуса расположен банер со словами - «Кадет- будущее России» и Девиз корпуса- «Жизнь- Отечеству, Честь-Никому!»